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重生之当我遇上大尺寸芯片




我是一块肿瘤切片。


被取下来的那天,我以为自己会以“完整”的样子被检测。


曾经,有人尝试看见我,用的方式是:把我切成几块,分别上机,再把数据拼回去。


只是,切完再拼,真的能把我看完整吗?“病灶与邻近组织之间的空间关系”也能被看见吗?


后来的某一天,我终于迎来了一次“重生”。


我以整块组织的样子,完整地躺在同一张芯片上:没有被切开,没有被拼合,坐标连续,边界完整。


这一次,终于有人找到了我的正确打开方式。


至于我的正确打开方式究竟是什么,得先从“看懂组织切片”这件事说起。



想看懂我,先画一张图


研究组织切片,本质上是读一张图:病灶在哪个位置,细胞如何扎堆,微环境里谁和谁相邻,答案都写在“位置”里。时空组学要做的,就是把这张图清晰地画出来。


麻烦在于,画图的“纸”,也就是芯片只有常规尺寸。遇到肿瘤整片、大器官切面、组织微阵列这类大样本,研究人员只好把组织分区检测,再进行数据拼接。这就好比把一张完整的地图撕成几片,分别复印,再拼起来:每一片都得单独走一遍检测和拼接的流程,实验批次和数据处理环节凭空多了好几道,而拼回来的也可能切割了原本连续的空间关系。


华大智造时空组学给出的最新解法很直接:不再撕纸,换一张更大的纸——全新推出时空转录组FFPE V1.1大尺寸芯片产品方案,为大尺寸FFPE组织研究提供更完整的空间视野。



装得下我的三种规格


本次上市的FFPE V1.1大尺寸芯片提供1 cm × 2 cm、2 cm × 2 cm和2 cm × 3 cm三种规格,并支持尺寸定制。研究者可根据切片大小和组织形态选择合适规格,减少不必要的样本分割和多片拼接。 


时空转录组FFPE V1.1大尺寸芯片上市规格


注:1 cm × 2 cm、2 cm × 2 cm和2 cm × 3 cm为本次上市规格;定制尺寸需结合样本与项目需求评估。


被看得广,也被看得清


芯片变大,意义不只是“放得下”。当更大范围的组织能够在同一次实验中完成捕获,研究者可以在统一坐标系下同时观察整体结构、局部差异以及区域之间的连续变化。用地图作比:这是一张既能铺开看全貌,也能缩放到街区看细节的图。



减少切分与拼接

更大的组织覆盖范围有助于减少分区实验及后续拼接,降低额外批次和跨片整合带来的影响。


兼顾整体视野与局部结构

FFPE V1.1方案在扩大覆盖范围的同时,保持500 nm级空间分辨能力,可用于组织结构解析、细胞群识别及局部区域比较。


支持空间单细胞尺度分析

FFPE V1.1通过原位捕获Total RNA,为捕获到的转录本赋予空间坐标;结合Cellbin等分析,可在空间单细胞尺度开展细胞群识别、注释和微环境分析。落回地图的比喻上,这意味着这张图不仅画得大,还看得清每一栋“楼”里住着谁、与谁为邻。


和我一样的,还有谁


基于更大的组织覆盖范围和连续空间信息保留能力,FFPE V1.1方案可以帮助研究人员更完整地看清:


肿瘤整片、大器官及连续组织、组织微阵列及组织拼图,以及珍贵FFPE队列。它们的共同需求,是让研究人员能够在更连续的组织背景中比较细胞群、区域差异与微环境信号。


时空转录组FFPE V1.1大尺寸芯片适用研究场景


我的同类,先试过了


以下为时空转录组FFPE V1.1大尺寸芯片在两类样本中的代表性测试结果。


小鼠胚胎FFPE大尺寸切片


在2 cm × 2 cm芯片的小鼠胚胎FFPE样本测试中,单样本获得约14,000 M reads,检测到29,000个以上基因;Bin200中位基因数超过12,000,Cellbin中位基因数超过670,Valid CID超过84%。


小鼠胚胎FFPE大尺寸切片代表性测试结果


组织微阵列


在1 cm × 2 cm芯片的组织微阵列测试中,单样本获得约12,000 M reads,Q30超过95%;共获得450,000个以上Cellbin,Cellbin中位基因数约为300,并识别出30个以上细胞簇。


组织微阵列代表性测试结果


懂我的人来开讲


不同尺寸的FFPE样本,在组织尺度、样本数量和研究目标上各有差异,对芯片规格、实验流程与分析方案也提出了不同需求。如何从常规尺寸到大视场,为不同研究场景选择更匹配的空间研究方案?


9月23日14:00—14:30,华大智造时空组学产品经理康芮将从FFPE空间研究场景出发,介绍常规尺寸芯片与不同规格大尺寸芯片的应用特点。同时,结合小鼠胚胎、多组织及多样本等案例,分享FFPE时空转录组从单一产品向多场景解决方案拓展的实践思路。


扫描海报二维码即可免费报名观看


注:9:00为网络研讨会开播时间,本场报告时间为14:00—14:30。


我的重生,不止是放大


时空转录组FFPE V1.1大尺寸芯片方案,并非简单地“把芯片做大”,而是希望面向FFPE,能够同时实现大尺寸覆盖、高分辨率以及全转录组检测。


它在实现厘米级组织覆盖的同时,延续Stereo-seq的500 nm级空间分辨能力与全转录组检测优势,让“看得广”与“看得清”在同一张芯片上兼得。


大尺寸芯片拓展的不只是组织覆盖范围,更是研究者在连续空间中理解细胞、组织结构与微环境关系的边界。让珍贵的FFPE存档样本不止被保存,也能在新的空间维度中被重新理解,就像一批被妥善收藏的旧地图,终于等到一次高分辨率的重新展开,为疾病机制研究与转化探索提供更丰富的线索。


故事讲到最后,说回我。


这一次,我以整块组织的样子,完整地躺在同一张芯片上。厘米级的组织覆盖、500 nm级的空间分辨能力与全转录组检测,同时落在同一张大尺寸芯片。 


曾经我以为,被完整地保存,就是一块组织切片最好的结局。现在我才知道,被完整地读懂才是。


这一次,终于有人找到了我的正确打开方式。


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