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资讯 测序排期、样本周转与项目成本，是单细胞项目绕不开的环节。当完整流程可以在自有实验室内完成，这些环节才有更优的平衡方式。本次实测要回答的是：一台桌面式测序仪，能否稳定承载单细胞研究的数据需求。
单细胞测序技术是解析细胞异质性的关键手段，对测序仪的灵敏度、准确性和通量要求很高。华大智造T1+测序仪采用创新性的检测原理与优化的生化反应体系，从源头保障了测序数据的高质量输出。文库环化与 DNB 制备同样在机内自动完成，省去了传统单细胞测序流程中的手工操作环节，显著降低了人力成本，让 T1+ 成为单细胞研究中可靠的测序伙伴。
云南森纳生物科技有限公司（以下简称"云南森纳生物"）是华大智造时空组学和DNBelab C系列单细胞组学在云南省唯一认证服务商。近期，云南森纳生物在本地 T1+ 平台上跑通了小鼠脑单细胞转录组项目的完整流程，从小鼠脑的细胞核制备、DNBelab C系列单细胞文库制备，到文库高通量测序和数据分析，全部在自有实验室内完成。
这次完整流程实测系统验证了T1+高通量测序仪在单细胞测序领域的应用效果，设备性能得到确认，可为高精度单细胞组学研究提供了可靠的技术支撑。该单细胞测序完整方案将有力推动肿瘤异质性、神经科学、免疫、发育生物学等前沿领域的研究进展，助力精准医疗发展。
实测方案
单细胞文库经单链环化后无需接头转换，直接上机；DNB 制备由仪器自动完成。实验端仅需完成文库加载，其余步骤交由华大智造 T1+ 依次执行。
测序平台：
华大智造T1+
测序试剂：
DNBSEQ-T1+RS 高通量测序试剂套装（T1+ FCL PE150）
样本类型：
小鼠脑组织的细胞核（单细胞转录组文库）
细胞核投入量：
30,000 个
01
测序质量优异，数据可靠有保障
数据质量能否满足下游分析要求，是评估测序方案的第一项依据。StandardMPS 2.0 化学体系下，同一张FCL载片的4 条 Lane Q40 全部超过 91%——九成以上碱基准确率达到 99.99%；Q30 同步超过 96%。基因组比对率 95.22%，线粒体 reads 仅 0.30%，提核样本的主要质量隐患得到有效控制。
02
测序产出优异，支撑万级细胞项目需求
数据质量达标之后，单次运行的产出决定了项目是否需要分批上机，也关系到排期与成本。单张FCL载片的4 条 Lane 产出全部超过 625M Reads，合计接近2600M；Q30 与 Q40 在四条 Lane 间高度一致，产出稳定。一张载片的通量，即可覆盖四个常规规模的单细胞样本测序数据需求。
03
机内自动制备，一天内完成测序交付
交付周期与数据质量同样影响项目排期，本地化测序的价值最终要落到实际用时上。依托 T1+ 高度集成的机内自动 DNB 制备设计，文库加载后由设备自动完成后续制备流程；从文库上机到完整报告交付，全程一天内完成。无需排队候检，无需样本异地周转，本地化测序的时效优势在本次实测中得到直接验证。
04
高水平基因检出，完整还原组织细胞图谱
前述指标之外，数据能否支撑细胞分群与类型注释，是判断单细胞实验结果是否可用的最终落点。测试数据分析后，捕获的细胞数超过15,000个，在平均每个细胞测序 20,767 条 reads 的测序深度下，中位基因检出数达 3,200，中位 UMI 数达 7,268，全样本共检出基因 27,711 个。此外，对于细胞识别和背景区分，界限分明，细胞识别结果可靠。
细胞核捕获效率＞50%，基因中位值3,200
图1 细胞与背景条码分离曲线（Knee plot）
自动聚类获得 26 个细胞 cluster，注释出兴奋性神经元、其他神经元、星形胶质细胞、少突胶质细胞系、少突胶质前体与内皮细胞 7 大类细胞类型，小鼠脑组织的细胞构成得到完整还原，可为细胞水平的异质性分析与微环境研究提供数据支撑。
图2 单细胞 UMAP 聚类与细胞类型注释（26 clusters，7 大类细胞类型）
当桌面式测序仪可以稳定承载单细胞研究的数据需求，测序排期、样本周转与项目成本，都有了更优的平衡方式。而云南森纳生物本次联合华大智造T1+的实测是一个起点——更多组织、更多物种、更多单细胞应用场景，都将在华大智造桌面测序平台上获得验证。
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