破防了！测完甲基化做不了突变？偏要「一鱼两吃」

做甲基化测序的人，谁没踩过这几个坑？

珍贵样本省了又省，只剩几十纳克；

FFPE 切片降解严重，DNA 碎得拼不起来；

血浆 cfDNA 浓度太低，建库反复“翻车”……

更扎心的是：好不容易测完了，想同时看突变？还得再建一个库。

样本不够用、周期拖太久、成本居高不下——这几乎是每个队列项目的“至暗时刻”。

难道就不能少折腾点吗？

当然可以。

基于DNBSEQ测序平台，华大智造采用TAPS+技术对 NA12878、FFPE 及 cfDNA 样本进行了系统性验证。结果很能打：即使是极限条件下的珍贵样本，也能产出高质量数据。

稳了!

低起始量≠低质量

不少人心里打鼓：新技术会不会“偏科”？数据能不能像 WGS 一样稳？

话不多说，直接上数据说话：

无论起始量是180ng还是50ng，甚至1ng，这一指标始终坚挺。这意味着：即使低起始量建库，碱基识别准确率也不会打折，数据从头读到尾都可靠。

传统BS-seq会将非甲基化C碱基“抹除”，导致GC暴跌、比对率下降。而 TAPS+ 仅转化甲基化C，文库碱基复杂度接近天然WGS，更好测、更稳定。

测序质量拉满，芯片满负载运行——对千例、万例队列来说，这就是实打实的成本节省。得益于华大智造测序平台的高准确性、低重复及低偏好，即便在极端样本中，也能维持极高的数据有效性。

图1 不同样本不同起始量T1＋测序下机质量指标

做临床队列的人，多半都有过这种焦虑：样本质量这么拉胯，真能跑出靠谱数据吗？

这次直接挑战了两个“地狱难度”的样本：

表1 FFPE及cfDNA样本核心表现

FFPE 或片段极短的 cfDNA，数据质量依然与标准品处于同一水平线。

 图2 NA12878、FFPE 与 cfDNA 样本测序性能概览

质控过关只是第一步，真正的灵魂拷问是：甲基化信号靠谱吗？

这就得先聊聊转化特异性——这是区分 “真实信号” 和 “技术噪声” 的核心标尺。

原理很简单：人类基因组中，甲基化修饰几乎只发生在CpG二核苷酸位点，CHG、CHH位点的天然甲基化水平极低。因此CHG、CHH甲基化率越低，代表未甲基化C的假阳性转化越少，检测特异性越高。

NA12878（180ng ~ 1ng 全起始量）：CHG、CHH 甲基化率全程稳定在低位，＜0.35%，起始量降低无明显假阳性抬升

FFPE（50ng、1ng）：降解样本依然维持低CHG、CHH水平，＜0.35%

cfDNA（20ng、5ng）：微量血浆样本同样保持低假阳性水平，＜0.35%

NA12878（细胞系gDNA标准品）：CpG 甲基化率 ~40%（符合预期）

FFPE（野生型细胞系）：CpG 甲基化率～57%（符合预期）

cfDNA（血浆）：CpG 甲基化率 ~73%（符合真实样本规律）

 图3 不同样本不同起始量甲基化率表现

此外，转化效率同样关键：

甲基化 Lambda DNA：~95%

非甲基化 pUC19 DNA：仅 ~0.3%

? 该检出的位点不漏，不该检出的不误报。

图4 甲基化转化效率与特异性验证

传统方案中，甲基化和突变分析向来是 “鱼和熊掌不可兼得”——测了 A 就丢了 B。

TAPS+ 的解法就很巧妙：甲基化信息“编码”在碱基转换中，变异信息“保留”在原始序列中。只需一个文库、一次上机，两套数据同时到手。

综合性能与成本，首推150G 数据量：1ng 起始、150G 数据量下，SNP F1 Score 高达～97%，与 180ng 标准品的检测结果几乎无差异。

对用户来说价值直接拉满：样本消耗减半、测序成本减半、交付周期减半，批次效应风险归零。

图5 不同条件下 SNP 检测性能对比

将 TAPS+ 测序中覆盖深度 ≥20X 的位点提取出来，与同一样本（NA12878）的 935K 芯片数据（All甲基化位点 & CG 甲基化位点） 进行了 β 值一致性比对：

? TAPS+ vs 935K (All甲基化位点)：相关系数 R ＞0.965

? TAPS+ vs 935K (CG甲基化位点)：相关系数 R ＞0.965

在统计学上，R > 0.95 就已经代表了极强的线性正相关。

0.965意味着什么？

意味着 TAPS+ 测序得到的每一个甲基化位点，其定量水平与经典的 935K 芯片几乎完全重合，定量结果可信度拉满。

同时覆盖180ng、100ng、50ng、1ng四档起始量梯度，无论高起始量还是纳克级微量样本，在共同覆盖的位点范围内，全位点、CG 位点两组相关系数均稳定维持 0.965 以上，一致性始终可靠。

图6 TAPS+测序与935K芯片一致性验证

队列项目最怕平台 "卡脖子"：小队列用高通量浪费，大队列用低通量排期排到明年；样本量上来后，手工建库批次差、质控难、交付慢，更是万级队列的普遍痛点。

华大智造T7+&T1+双平台，覆盖队列全生命周期，更能提供从建库到分析的全流程方案：

表2 本次测试T7＋及T1＋测序情况

? T1＋及T7＋两者均能提供~98% Raw Q30，均支持dsDNA直接投入，数据可无缝衔接。

从标准品到 FFPE、cfDNA，从几十纳克到几纳克：TAPS+ 技术 + 华大智造测序平台，正在重新定义甲基化测序的边界。

样本再少也能测：50ng可测，5ng/1ng极限条件下仍可用

珍贵样本不浪费：FFPE、cfDNA全线验证，数据有生物学意义

一次实验双数据：甲基化+变异共检，样本/成本/周期三降

数据可靠可发表：935K一致性R>0.965，甲基化位点全覆盖

平台跟着项目长：T1+低通量，T7+高通量，端到端全链条

*TAPS＋产品来自Watchmaker Genomics。

客服电话：4000-688-114

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官网：https://www.mgi-tech.com/

Watchmaker Genomics（沃奇酶科）是一家专注于开发高性能工具的生命科学公司，依托在蛋白质工程及新一代测序领域的深厚积淀，公司开发出一系列性能首屈一指的酶原料、精准试剂及系统平台，助力分子分析实现卓越的准确性、效率和成本效益，推动基因组学研究与临床应用的突破性技术创新，以支持癌症检测、表观遗传学及液体活检等高挑战领域的科研进步和应用转化。更多信息请访问官网 watchmakergenomics.com 或官微“沃奇酶科”。