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新型赛博搭子进美国高中!年纪轻轻把测序玩明白了

一台华大智造的E25测序仪,

去年被美国康涅狄格州的卢米斯查菲中学搬进了校园。

本来以为就是给生物课撑撑场面,

结果不到一年,

一群高中生直接测完了了三株全新的噬菌体基因组,

从取样,到建库,到测序,到生信分析,全自助完成,

最后还被全球公共数据库收录了。

没有博士生,没有博士后,主力是一群高中生。

谁看了不夸一句“别人家的孩子”?!


卢米斯查菲中学(The Loomis Chaffee School)是美国公认的顶尖私立寄宿高中之一,有152年历史的老牌私校,位列“十校联盟”(TSAO)成员,被称为“小常春藤”。去年引入了E25,成为了美国首批将高通量测序技术引入校内的高中之一,也是首个采用DNBSEQ平台进行教学的学校。 



这群高中生参与的项目叫SEA-PHAGES,是美国规模最大的私人生物医学研究资助机构之一霍华德·休斯医学研究所(HHMI)资助的项目,专门做噬菌体的基因组学研究。噬菌体是一种专门感染细菌的病毒,是自然界里最神秘的“细菌杀手”。


于是高中生们的日常画风是这样的:




带上小铲子去校园各个角落挖土

在实验室里从土壤样本中分离噬菌体

提取噬菌体的DNA

上机测序

把测出来的序列组装成完整的基因组

生信分析

提交数据


学生们最终成功组装并注释了三种土壤传播噬菌体病毒的完整基因组,数据已经被SEA-PHAGES数据库接收,并在phagesdb.org网站上公开发布。



别的学生生物课还在用显微镜看洋葱表皮,他们已经在给病毒做测序了!


能取得这样的成绩,离不开学生们自己的努力,离不开学校一百多年来坚持“重实验、轻刷题”的教学理念,背后也有华大智造的合作支持,工程师多次上门安装部署以及培训。



负责带队的科学系主任Neil Chaudhary将E25描述为“游戏规则改变者”,他说:“很少有高中能像我们一样拥有装备这么完善的实验室。E25的加入,让学生能够生成并分析自己的基因组数据。”


Neil老师在一份项目报告里记录了学生们的反馈,有些话还挺戳人的。



一个学生说:“这个项目真的坚定了我未来当科学家的想法。它给了我工作的自主权和主导权,就像真正的科学家一样。”


另一个学生说:“这次经历让我更愿意在大学里参与科研项目。”


E25作为一台便携式桌面测序仪,上得了珠峰,扛得了低温,也挤得进高校教育。


让更多孩子早点摸到真正的科学,也是一种“人人可及”。


而这批孩子,可能真的会因为高中那年亲手测的噬菌体,而在长大后决定投身生命科学。


那就值了。


学生们的研究成果可见:https://phagesdb.org/phages/FleetyMac/
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